信息安全国家重点实验室筹建于1989年，1991年通过国家验收并正式对外开放。实验室由中国科学院主管，依托于中国科学院研究生院，中国科学院软件研究所参与共建。1997年和2002年两次通过国家评估，1999年进入中国科学院“知识创新工程试点”。

　　实验室的总体目标是：为国家安全、经济建设和社会发展所需要的信息安全保障提供科学依据；解决对国民经济发展起关键作用或可能推动国民经济发展的科学技术问题；为国家培养信息安全方面的高级专业人才。

　　信息安全国家重点实验室拥有一支多学科交叉、理论研究与工程技术相结合、老中青三结合、以年轻骨干为主体的高水平研究队伍。

　　实验室不仅是研究基地，也是人才培养基地。实验室拥有一支教学经验丰富的师资队伍，设有信息安全学科的硕士、博士点，同时依托中国科学院研究生院和软件研究所设有应用数学、通信与信息系统和计算机应用等学科的硕士、博士点和博士后流动站，已形成具有一定规模的信息安全高层次人才培养体系。截至2004年7月，实验室已培养博士生88人，培养硕士生154人；实验室博士后流动站培养博士后39人。